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益生菌（probiotics）、益菌生（prebiotics）與發酵食品都有助於維持腸道的多樣性。「益生菌」適量補充對宿主有益健康的微生物，但必須有足夠的活菌抵達腸道才有功效。

絕多數的益生菌是屬乳酸菌，能分解醣類產生乳酸、醋酸、丙酸、丁酸、短鏈脂肪酸，可酸化腸道環境、抑制害菌增殖、調解菌叢平衡、改善腸蠕動消化、提升免疫、預防過敏，並增加維生素、酵素、干擾素合成。常見的有乳酸桿菌、雙歧桿菌、酵母菌等。

而「益菌生」則指透過食物補充，以增加腸內益生菌生長，屬「養菌」性質，包括寡糖、膳食纖維及一些中草藥。含有益生菌及益菌生兩種合成的製劑稱為「合生元」（symbiotic）。

利用乳酸劑培育後，將菌體物質及其分泌物萃取之產物稱為「益生素」（biogenics），而含益生菌、益菌生及益生素三種功效之物質稱為「益生源素」（prebiogenics）。

早期對於偽膜性大腸炎復發或炎症性腸病的治療，使用「糞菌移植」（fecal bacterial transplantation）治療，得到不錯療效。