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从出生到离世，无论健康或生病，一直在肠内陪着我们的就是“肠内细菌”。如字面所示，它们是住在肠子内的细菌，多数是住在大肠里。种类超过1000种，数量多达1000兆个，重量约为1.5公斤左右。肠内的细菌是人体细胞60兆个的15倍以上，如此庞大的量令人惊讶也感到神秘。

近来的研究指出，肠内细菌的平衡与作用，保持我们的健康，反之则会生病。细菌也可说是肠内的“另一个内脏器官”。超过一千种的肠内细菌，概分为“益菌”、“害菌”、“中间菌”这三类。但这些不是正式的名称，只是人类为了方便而取的称呼。

对人体有用、有益的肠内细菌称为益菌，出现有害作用的是害菌，无法断定好坏的叫做中间菌。以下是各类的主要活动。益菌有助消化、吸收，提高免疫力、增加抗病力的细菌。除了会制造促进身体代谢活动的维生素B群，还有维生素K、维生素M（叶酸）、胺基酸、短链脂肪酸（译注：一组由五个或以下的碳原子组成的饱和脂肪酸）等。喜欢的东西是，含有寡糖或乳酸菌的物质、膳食纤维。如：比菲德氏菌、乳酸菌。

害菌＝引起发炎，容易产生臭气或粪便，形成口臭或体臭的原因，甚至会制造致癌性物质的细菌。喜欢的东西是，动物性蛋白质、氧化的物质、垃圾食物、宿主（你我）的压力。如：产气荚膜梭菌（译注：因为能分解肌肉与结缔组织中的糖类，产出大量气体，以及可在体内形成荚膜而得名）、大肠杆菌（的有毒株）、葡萄球菌。

中间菌＝没有好坏之分的细菌。益菌处于优势时，它们很乖，害菌处于优势时，可能会产生有害的作用。墙头草两边倒的类型，健康成人的肠内最多的就是这种菌。如：拟杆菌、大肠杆菌（的无毒株）。肠内细菌的理想比例，成人的话是益菌２：害菌１：中间菌７这是最佳状态。