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新鲜的菇类钾离子含量高，所以肾脏功能不佳的民众应避免食用。另外，菇类普林含量并不少于动物类食物，因此有高尿酸、痛风病史的民众若痛风发作时也应先暂时不吃，等痛风过后，就可适量的吃。菇类性平偏凉，建议要稍微烹调过后再吃或搭配姜一起入菜。因为菇类也含有大量不易消化的膳食纤维，肠胃功能较差的民众若一下子吃过量，可能会造成肠胃不适，所以也要注意食用量。

由于菇类是中医所谓的发物，有过敏体质或有气喘、干癣、湿疹、红斑性狼疮（可能会引起光过敏而使皮肤症状加重）等病史的民众，除了不要一次吃太多外，有些体质较为敏感的人就算是吃少量也会出现或加重过敏症状，建议日后可能就要尽量避免吃菇类了。

不论干燥的或新鲜的菇类所含的热量都低，又含有人体的必需胺基酸、维生素、矿物质等营养素，但不同品种的菇类营养成分不尽相同，因此建议民众应摄取多种不同的菇类，并将菇类食材作为蔬菜的一种，不要偏颇只吃特定一种菇，均衡的饮食，才能让身体吸收到完整的营养素，并有效维持生理机能保持健康。