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新鲜的菇类还富含维生素及矿物质，维生素以水溶性的维生素B1、B2、烟硷酸（维生素B3）、生物素（维生素B7）以及维生素C为主，矿物质则包括有钾、钠、镁、钙、磷，其中钾的含量最高，约有45％。而菇类中所含的脂肪至少有72％是不饱和脂肪酸，其中大多是亚麻油酸（ω-6脂肪酸）。

而菇类除了人体必需的营养成分之外，近年来的研究陆续发现，菇类还含有多醣体、三萜类化合物、蛋白多醣体、膳食纤维等有助于促进生理机能活性的元素，经由体外细胞实验及动物实验发现这些元素分别具有抗肿瘤、调节免疫功能、降血糖、降血压、降胆固醇等保健功效，像是从灵芝中所萃取出来的多醣体（β-葡聚醣），被证实能够有效地活化巨噬细胞、T细胞，进而刺激自然杀手细胞活化，而这些免疫细胞可是具有消灭不正常肿瘤细胞的功能。

干燥过的菇类虽然风味十足，但会流失掉水溶性的营养素，所以建议民众在购买回家做菜用的菇类，最好以新鲜的为主。而在挑选新鲜的菇类食材时要注意，菇的菌伞应有光泽、扎实感，菇体没有受伤，颜色没有变深，闻起来是新鲜没有臭味，由于菇类存放越久越容易出水，假若外包装看起来水气很多，表示距离采收完成可能有一段时间了，而购买后应尽早吃完，若要存放在冰箱冷藏室中，则需要打开封口，因为生鲜菇类会释放出二氧化碳，若密封住，则可能会产生酸味而影响味道。

新鲜的菇类晒过太阳再吃可以让人吸收更多的维生素D，美国波士顿大学医学院的何立克教授（Michael F. Holick），在2013年美国生物化学与分子生物学会大会（annual meeting of the American Society for Biochemistry and Molecular Biology）上发表研究指出，在很少有阳光露脸的冬天，他邀集了30个健康成年人分成三组，在7周内分别吃含有2,000国际单位的维生素D2胶囊、2,000国际单位维生素D3胶囊以及晒过太阳制成的蘑菇粉（内含有2,000国际单位维生素D2），结果发现这三组民众血液中的维生素D浓度都达到充足的标準，并持续5周之久。因此，建议民众可购买用太阳晒干的干香菇来吃，这样也有助于让人体吸收更多的维生素D。