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在慢性肠道炎症的诊断上，大多先是一个排除式的方式，病史是一个最重要的依据，怀疑的病例才可能做后续的鉴别诊断与检查，尤其克隆氏症主要是侵犯小肠，对于检查小肠疾病的诊断方法，例如小肠镜或胶囊内视镜，不是技术上困难繁琐、就是花费不赀，因此若不是对临床症状有所警觉、高度怀疑，大部分的医生很少会主动去确认这一个发生率极低的疾病。

克隆氏症是一種慢性病，常不能根治，需要長期持續服用藥物以維持臨床症狀的緩解。

大部分慢性肠道炎症的患者都是以内科冶疗为主，主要的药物以含有5-Aminosalicylic acid (5-ASA)成份的药品治疗，其作用的模式被认为是肠道中5-ASA对于肠道粘模有直接抑制发炎的作用，因为口服的5-ASA会受胃液的破坏，是以一些不同药物之主要差别仅在保护5-ASA 不受胃液破坏的方式不同而已。

对于克隆氏症的治疗是以能在小肠释出5-ASA的药物为主，对于严重或治疗效果不佳的病患，有可能再合并类固醇、免疫抑制剂及生物制剂等治疗。至于外科治疗的适应症最常在发生肠道狭窄、脓疡或廔管时；外科治疗尽量只做局部性病灶切除，以免牺牲太多的小肠，成为短肠症而导致营养不良，甚至不能存活。

克隆氏症是一种慢性病，常不能根治，需要长期持续服用药物以维持临床症状的缓解，为了“肠”治久安，在此还是要提醒克隆氏症的患者，除了定期追踪，更要配合医嘱，不要贸然停药。