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在台湾日本脑炎目前为第三类法定传染病，早在1955年就列为通报传染病。人类感染后的发病率约0.1 %，死亡率可至10 %。临床症状轻者常见发烧、头痛、恶心、倦怠、腹痛或出现意识障碍及精神症状。重症病例多以突发高烧、头痛、呕吐开始发病，接着出现脊髓膜刺激现象，3至5日出现痉挛、异常行为、肌强直，意识明显变化甚至昏迷、死亡。对于存活者产生的智力障碍与神经后遗症比例高达 30至50%，尤其容易发生在年幼的孩童与老年人。

日本脑炎盛行于亚洲部分地区，藉由病媒蚊传播。致病原是日本脑炎病毒，属于黄病毒科的RNA病毒。在自然界中人类和马是它的最终宿主，被感染后可能发生脑炎症状，虽然其他动物也会被感染，但不会出现症状。特别是猪，被称为日本脑炎主要的增幅动物或宿主，在感染日本脑炎病毒后，产生抗体时间长，病毒血症浓度又高，猪本身却毫无症状，此时若被蚊虫叮咬，蚊虫体内便带有病毒，这些病媒蚊再叮咬人，便会将病毒传播给人。

台湾主要的病媒蚊包括三斑家蚊与环纹家蚊，大多孳生于水田等地，习性喜欢于黄昏及半夜在屋外吸血并停息。日本脑炎在台湾流行季节也配合蚊虫繁殖季节，集中在每年的五至十月，病例高峰常出现于六至七月，须预先防范。

因目前医学界对于日本脑炎还未有特效治疗方法，仅能针对症状给予支持疗法。所以控制日本脑炎的方法包括控制病媒蚊、减少蚊虫叮咬、进行疫苗接种。其中以接种疫苗为最有效的方法，平均而言，接受完整疫苗剂量后，在10年内的疫苗效果仍可超过80％。台湾自从全面接种日本脑炎疫苗后，病例的发生率逐年下降。这几年来，每年的确定病例大约20至30位，20岁以下所占比率低于10%。