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有些父母的染色體異常，胚胎就會自我淘汰造成流產。

3.染色体问题：在早期流产的胚胎中，大约有将近60％是染色体异常。换句话说，异常的胚胎已经遭受自我淘汰的命运，非父母双方因素所导致。然而约3-5%的流产病患里，有些确实是父母双方之一的染色体发生异常转位（translocation）的现象，有的则是先生Y染色体上一段基因异常所导致。

4.荷尔蒙分泌异常：最典型的就是多囊性卵巢的病患。由于体内对胰岛素分泌产生抗性，或是体内雄性荷尔蒙过高，会使得卵子质量下降，以及无法提供胚胎发育所需之黄体素，自然流产发生的机率便会增加。

这类病患需要时间调整体质，以降血糖药物控制一段时间后，再以药物或针剂方式协助排卵及黄体功能加强，多数女性可以顺利怀孕。其它内分泌问题如甲状腺亢进或功能低下的女性，也需要密切注意其甲状腺功能的状态。

如果功能尚未控制在理想范围内，也容易发生流产。糖尿病的病患更需注意病情控制，如果血糖控制不佳，不仅流产机率增加，也容易产生胎儿畸型的可能。

5.免疫系统问题：通常外来物对人体来说，自然会产生排斥现象，尤其胚胎有一半的基因是来自先生。然而高等动物对于怀孕的过程，上帝已经做了最完美的安排，因此大多数人的胚胎不会被自身免疫系统攻击。少数人体内的防御机制先天被破坏，因此产生抗体而攻击胚胎，导致流产的发生。