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科赫毕业那年，普法战争的战火已经隐隐开始燃烧，随后他进入军队，成了一名军医。战争结束后，他去了波兰，在当地的一个小镇当医官。

1870 年，科赫婚后到东普鲁士的一个小乡村当外科医生。医生是个救死扶伤受人尊敬的职业，可让科赫无法忍受的是，当他的患者被传染病折磨甚至生命被吞噬的时候，他却无能为力。

没有人知道传染病的病因，更谈不上有效的治疗。科赫经常只能对患者和家属说几句安慰的话，因为他自己也不明白传染病究竟因何而起，他也没有有效的治疗方法。科赫没有坐以待毙，他不愿意再眼睁睁看着自己的患者一步步走向死亡。

在那个叫沃尔施泰因的小村子里，科赫建立了一个简陋的实验室。就是在这个小小的不起眼的实验室中，科赫开始了自己关于病原微生物的研究。科赫的实验室里没有什么大型的科研设备，小乡村中也没有收藏着大量文献的图书馆。他甚至也难以和其他同样研究微生物的学者进行沟通讨论，他唯一拥有的“大型”研究工具，是他的妻子送给他的显微镜。

在简陋的实验室里，单枪匹马的科赫沉浸在自己的研究中，只要有时间，他就将自己关在实验室中，人们不明白科赫到底在干什么，甚至有人说他得了精神病。

1863 年，法国微生物学家凯西米尔．达韦纳发表了一篇论文。论文中，凯西米尔提到了炭疽病可以在牛与牛之间直接传染。科赫在看到这篇论文后，更加仔细地研究了这个疾病。

炭疽是由炭疽杆菌所致，一种人畜共患的急性传染病。人因接触病畜及食用病畜的肉类而发生感染。临床上主要表现为皮肤坏死、溃疡、焦痂和周围组织广泛水肿及毒血症症状，皮下及浆膜下结缔组织出血性浸润；血液凝固不良，呈煤焦油样，偶可引致肺、肠和脑膜的急性感染，并可并发败血症。

为了研究炭疽病的起因，他整夜整夜地在实验室里待着，甚至几个星期都不迈出实验室一步，像着了魔似的废寝忘食。他的妻子终于忍受不了他对自己事业的执着，离开了他。为了证明炭疽菌就是炭疽病的罪魁祸首，科赫从死于炭疽病的动物的脾脏中提取出了组织液，再将组织液接种到正常健康的小鼠身上，被接种后的小鼠很快就感染上了炭疽病。

然而，科赫对这样的实验结果并不是十分满意。

他想了解从未接触动物的炭疽菌是否能引起炭疽病。因此，他提取了患了炭疽病的牛眼中的液体进行培养。科赫发现，当环境不利的时候，这些细菌会在自身内部产生圆形孢子（芽孢），芽孢能抵御不良的环境，尤其是缺氧环境，而当周围环境恢复正常时，芽孢又成了细菌。