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超音波檢查已經成為現代醫療的重要工具，其方便性、快速且非侵入性的特點，被廣泛運用在各種疾病的診斷及治療。新生兒檢查中，自費超音波篩檢可分為腦部、心臟、腹部及腎臟，以及髖關節等項目。

臺北醫學大學附設醫院新生兒暨兒童加護病房主任蘇一宇提到，新生兒超音波篩檢依據檢查目的，適合做的時間點各有不同，同時也提醒，無症狀的健康足月新生兒進行這些檢查，是否能夠增加發現嚴重疾病的機會仍存疑，爸媽可依據自身需求選擇合適的超音波項目。常見的超音波項目說明如下：

腦部超音波

由於新生兒的囟門尚未關閉，透過超音波可以看清楚大部分的腦部組織，對於有神經學症狀、腦部缺氧、易發生腦室出血、白質軟化等併發症的早產兒，腦部超音波就是很重要的篩檢工具。

心臟超音波

先天性心臟病是新生兒最常見的異常疾病，有些疾病可能無法透過聽診或是觀察血氧濃度得知，心臟超音波可看清楚新生兒心臟構造，為診斷的最佳工具。但現今許多先進醫療國家有完善的產前超音波檢查、產後的身體理學檢查，以及危急型先天性心臟病的篩檢等重重把關，在以上檢查皆正常的新生兒，爸媽可與醫師討論後再決定是否要加做。