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糞菌移植是利用健康人的糞菌去取代失調的腸道菌群，重建腸道菌相的平衡。

不同于尿疗法，粪菌移植并非让人直接“吃屎”！虽然目前各国对粪菌移植的备制流程和标准设置不同，但大致上是先将健康人的粪便与食盐水混合，去除臭味，再冷冻备用；需使用时，再粪菌装入胶囊中，以鼻肠管的方式投与，或是用内视镜灌入十二指肠或大肠近端，也可经由灌肠的方式投与。

未来医生专家若能找到方法，直接分离出健康人有益菌混合物来取代粪便，也许民众只要吞几颗胶囊就能达到治疗疾病的目的。

肠道菌相失衡　各种文明病找上身

除了伪膜性肠炎，近代科学家发现，包括发炎性肠炎、肠燥症、大肠癌，甚至心血管疾病、代谢症候群、肥胖症、过敏和精神相关疾病，都与肠道菌相的失衡有关。也就是说，未来这些疾病都可能藉由粪菌移植调整肠道菌相的方式，获得改善或控制。