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根据我们过去之研究，于355位复发性口腔溃疡患者中，约13.0%、19.4%、19.7%患者血清中有胃壁细胞抗体（Gastric Parietal Cell Antibody, GPCA）、甲状腺球蛋白抗体 （Thyroglobulin Antibody, TGA）、甲状腺微小体抗体（Thyroid Microsomal Antibody, TMA）。血清中的GPCA自体抗体会造成胃壁细胞的破坏，导致胃壁细胞不足或完全破坏，因而无法分泌足够的内在因子(intrinsic factor) 或完全不产生内在因子，而维生素B12之吸收，必须在维生素B12先和内在因子结合，此复合物才可以在回肠 (Ileum) 由肠上皮细胞吸收至血液中，分送至全身各处利用。

故血清中有GPCA存在时，易导致维生素B12缺乏，严重时会引起恶性贫血（Pernicious anemia）。另外血清中有 GPCA存在时，也易导致自体免疫萎缩性胃炎（Autoimmune atrophic Gastritis），且可能进一步演变成胃癌（Gastric Carcinoma）。若病人血清中有TGA 或TMA自体抗体存在时，会引起自体免疫甲状腺疾病（Autoimmune Thyroid Diseases），最后可能造成甲状腺功能异常。

复发性口腔溃疡患者可能会有补血质缺乏（Hematinic Deficiency）及贫血情形

根据我们过去之研究，于273位复发性口腔溃疡患者中，20.9%患者有血色素 (hemoglobin) 缺乏（男性血色素﹤13 g/dL，女性血色素﹤12 g/dL），20.1%患者有铁缺乏（血清铁﹤60 μg/dL），4.8%患者有维生素B12缺乏（维生素B12 ﹤200 pg/mL），2.6%患者有叶酸缺乏（叶酸﹤4 ng/mL）之情形，及7.7%患者有血清同半胱胺酸（homocysteine）浓度过高（> 12.6 μM）之情形，且以上物质的缺乏及同半胱胺酸浓度过高，和疾病之严重程度有关。

因此建议复发性口腔溃疡患者，宜于口腔病变开始治疗前，先作全血检查（complete blood count），并检验血清中铁、维生素B12、叶酸及同半胱胺酸浓度，同半胱胺酸是一种心血管疾病危险因子，若患者有维生素B12、叶酸、维生素B6缺乏时，血清中同半胱胺酸浓度会升高，但若给予维生素B12、叶酸、维生素B6治疗，则血清中同半胱胺酸浓度会很快下降。若贫血和铁、维生素B12、叶酸、维生素B6缺乏之情形，可以得到改善，通常约有一半复发性口腔溃疡患者，其口腔症状包括口腔溃疡频率、严重度等，也可以有明显改善。