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人身上的细菌数量大约是人体细胞数量的 1.3 倍，分布于身体各部位成一部落。主要的部位包括口腔、鼻腔、胃肠道、生殖泌尿道和皮肤。这些细菌总共有500-1000种。生存于口腔和喉咙的细菌约900种，总称为口腔菌丛。

有「医界福尔摩斯」之称的曾嵚元医师在其出版的《精准医学：早期预防癌症，破解基因迷思对症下药》（时报出版）一书提到，这些细菌散布于牙齿、牙龈、舌头和喉咙。在牙齿表面的黏着性菌斑生物膜上有许多的细菌。此外，在牙周小袋深处也可聚集菌斑和残渣，上面也有大量的细菌。

好的细菌对身体有益，譬如有些可分解养份方便人体吸收，有些则协助制造肾上腺素、皮质醇、血清素、γ-氨基丁酸等，协助体内荷尔蒙的平衡。帕金森氏症的病人常常在其口腔和肠道出现不足量的普氏菌，这或许可以部分解释为什么帕金森氏症的病人脑中的多巴胺量不足之因。

相反地，口腔内也有许多对健康有害的细菌，例如导致牙龈病变的具核梭杆菌、牙周病主要致病菌牙龈紫质单孢菌、导致蛀牙的变种链球菌、单纯疱疹病毒和白色念珠菌等。

众所皆知口腔卫生不佳的人有较高的风险得到牙龈疾病。牙龈炎是牙齿表面上的菌斑引起的牙龈发炎。牙周病是一种低度而慢性的发炎。它是由致病菌引的牙龈发炎，可导致骨质流失、沾黏性丧失、牙齿松动甚至丧失。除非定期看牙医，牙周病常不被人察觉，也常常不会造成不适。