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人身上的細菌數量大約是人體細胞數量的 1.3 倍，分布於身體各部位成一部落。主要的部位包括口腔、鼻腔、胃腸道、生殖泌尿道和皮膚。這些細菌總共有500-1000種。生存於口腔和喉嚨的細菌約900種，總稱為口腔菌叢。

有「醫界福爾摩斯」之稱的曾嶔元醫師在其出版的《精準醫學：早期預防癌症，破解基因迷思對症下藥》（時報出版）一書提到，這些細菌散布於牙齒、牙齦、舌頭和喉嚨。在牙齒表面的黏著性菌斑生物膜上有許多的細菌。此外，在牙周小袋深處也可聚集菌斑和殘渣，上面也有大量的細菌。

好的細菌對身體有益，譬如有些可分解養份方便人體吸收，有些則協助製造腎上腺素、皮質醇、血清素、γ-氨基丁酸等，協助體內荷爾蒙的平衡。帕金森氏症的病人常常在其口腔和腸道出現不足量的普氏菌，這或許可以部分解釋為什麼帕金森氏症的病人腦中的多巴胺量不足之因。

相反地，口腔内也有許多對健康有害的細菌，例如導致牙齦病變的具核梭桿菌、牙周病主要致病菌牙齦紫質單孢菌、導致蛀牙的變種鏈球菌、單純疱疹病毒和白色念珠菌等。

眾所皆知口腔衛生不佳的人有較高的風險得到牙齦疾病。牙齦炎是牙齒表面上的菌斑引起的牙齦發炎。牙周病是一種低度而慢性的發炎。它是由致病菌引的牙齦發炎，可導致骨質流失、沾黏性喪失、牙齒鬆動甚至喪失。除非定期看牙醫，牙周病常不被人察覺，也常常不會造成不適。