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免疫系統的過度反應是許多問題的主要原因：正常的身體組織，往往會在免疫細胞追捕病原體的過程中遭到重創，身體因此遭殃。一個系統越複雜，它出錯的方式就越多，免疫系統也不例外。免疫系統要完成的任務非常多樣、非常精細，它出錯的方式也是五花八門。下面是簡要概述：

1.免疫病理學

對身體來說，即使是一個順利執行的免疫反應也有其代價。在免疫系統對感染反應的關鍵時刻，免疫細胞在追捕逃逸的細菌（它們以極快的速度分裂、複製），或者努力迅速找出那些已經感染了病毒的細胞，各種有害的酶體和病原體的片段體液裡流動，一些意外傷害似乎在所難免。

事實上，許多情況下病原體本身並沒有那麼有害，免疫系統的過度反應才是許多問題的主要原因：正常的身體組織，那些「無辜的圍觀群眾」，往往會在免疫細胞追捕病原體的過程中遭到重創。對於慢性疾病，這種情況尤為嚴重，因為病原體非常善於躲藏，神出鬼沒。結果，免疫系統一再地發起攻擊，身體因此遭殃。

2.免疫缺乏疾病

當免疫系統的某個環節缺失了，或者不工作了，人體就會出現免疫缺乏疾病。有時候，這是一種遺傳疾病，源於某種基因突變；另外一些時候，這是環境因素的作用。最著名的一個例子就是愛滋病（全名：後天免疫缺乏症候群）了，這是源於HIV病毒攻擊T細胞，導致身體的免疫反應嚴重受損，從而容易引發其他感染。