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就治疗子宫内膜异位症的方法一般有药物治疗、手术治疗。但治疗的选择上会因该病患未来是否还有生育规划而有所不同，以下的治疗方式选择的建议，则主要针对未来还有生育规划的病患所做的临床建议。根据欧洲人类生育及胚胎学会(ESHRE)在2014年整理出的针对子宫内膜异位症的治疗临床指引中，针对子宫内膜异位症同时伴随不孕症的患者治疗的建议有几点：

1.对子宫内膜异位症同时伴随不孕症的患者，无论于手术前或是手术后，应尽量避免使用荷尔蒙相关的药物治疗。(实证医学证据等级：A)

2.关于手术治疗部分，对于轻微和轻度子宫内膜异位症患者，施行手术性腹腔镜手术（合并沾黏拨离或是病灶切除）是可以有效提升怀孕率的(实证医学证据等级：A)；对于中度和重度子宫内膜异位症的患者，施行手术性腹腔镜手术（合并沾黏拨离或是病灶切除）是可以有效提升自然怀孕的机率。(实证医学证据等级：B)

3.对于有卵巢巧克力囊肿的不孕症患者，施行囊肿切除是可以增加自然怀孕的机会，而非施行囊肿引流或是电烧手术。(实证医学证据等级：A)但在这类手术之前，应先评估卵巢功能及告知卵巢功能受损的风险。

4.关于人工生殖技术方面的建议，对于轻微和轻度的子宫内膜异位症患者，无论手术与否，建议施行人工授精来提高活产率。(实证医学证据等级：C)

对子宫内膜异位症的患者接受试管婴儿疗程时，接受3-6个月的脑下垂体阻断剂的停经治疗，可提高临床怀孕率。(实证医学证据等级：B)

对于巧克力囊肿超过3公分以上的不孕症患者，在接受人工生殖技术之前接受囊肿摘除手术，并无证据可以提升怀孕率。(实证医学证据等级：A)