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根據美國醫學期刊「JAMA」報導指出，研究人員發現幼童百日咳疫苗的效力衰退的速度比醫界預期的還要快速。衛生署疾管局表示，從94年至今，國內百日咳確定病例在6個月以下未完成3劑基礎劑的嬰幼兒，所佔比例達4成以上，提醒家長應按時攜帶幼兒完成疫苗接種，才能達到疫苗最大預防效力。

衛生署疾病管制局提醒，家長應帶家中6個月以下的嬰幼兒未完成3劑百日咳醫苗施打，才有防疫效果。

國內疾管局參考國外先進國家的接種策略及衛生署傳染病防治諮詢委員會預防接種組的建議，於98年3月開始針對國小一年級學生全面追加接種一劑「減量破傷風白喉非細胞性百日咳混合疫苗(Tdap)」，以增加兒童對百日咳的免疫力。

我國現行的幼童接種百日咳疫苗時程，分別為出生滿2、4、6、18個月各接種一劑五合一疫苗（白喉破傷風非細胞性百日咳、b型嗜血桿菌及不活化小兒麻痺混合疫苗），及國小一年級學生全面追加接種一劑「減量破傷風白喉非細胞性百日咳混合疫苗(Tdap)」。

根據文獻資料顯示，目前國內核准使用含非細胞性百日咳之疫苗，其接種效益約為80～85%。國內五合一疫苗之第三劑、第四劑接種完成率分別達96%及94%，於國小入學前均可達98%以上；另國小學生Tdap疫苗接種完成率則在97%以上。

一旦感染百日咳較常發生併發症者，多為5歲以下幼兒，另小於6個月的寶寶則是感染百日咳的高危險族群，通常來自主要照顧者，如媽媽、保姆及產後機構照護人員，因此建議未曾接種百日咳疫苗的育齡婦女。以及嬰兒照顧者均應接種一劑Tdap，才能加以保護幼兒減少被感染的機會。