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當母親遭受到德國麻疹病毒、疱疹病毒、巨細胞病毒、梅毒、披衣菌或是弓漿蟲等感染，也會造成自然流產。

流产原因4／母亲遭到感染

当母亲遭受到德国麻疹病毒、疱疹病毒、巨细胞病毒、梅毒、披衣菌或是弓浆虫等感染，也会造成自然流产。

流产原因5／母亲免疫机能异常

免疫机能异常是造成习惯性流产最常见的原因，约占习惯性流产案例之50%左右。免疫机能异常又分为异体免疫因素和自体免疫因素。异体免疫因素方面，受精卵要在母体子宫内着床成长，免疫学上这是属于同种移植的一种现象，因为受精卵一半来自于母亲的卵子，而另一半来自于父亲的精子，所以理论上母亲体内的免疫系统会产生抗体来攻击受精卵并排斥它。

但是正常怀孕的过程里，母亲体内会产生某些化学物质来骗过母亲体内的免疫系统，以利受精卵正常着床成长。当母亲对胎儿物质的免疫耐受力发生异常时。例如，母亲和父亲体内人类白血球组织抗原分享(HLA-sharing)，受精卵就会被排斥而造成流产。

另外，自体免疫系统异常时，母亲血液循环中会产生较高的自体免疫抗体，这些抗体会抑制血管内皮细胞自我调控的功能，会增加血液的凝血活性，也会增加血小板的凝聚，进而产生血栓。当这些血栓循着血流聚集在母亲与胎儿之间的血液循环时，就会造成胎盘坏死而流产。