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在懷孕12週以前發生自然流產的案例中，胎兒染色體異常約佔50%~60%左右。

流产原因1／胚胎发育问题

在怀孕12周以前发生自然流产的案例中，胎儿染色体异常约占50%~60%左右。有报告指出大约1／4的染色体异常是母亲配子(卵子)生成错误，5%是父亲配子(精子)生成错误所致。

其中90%以上是染色体数目异常，少部分为染色体结构异常。染色体数目异常中又以多一个染色体的情形最常见(如唐氏症就是第21对染色体多一个的结果)，几乎占全部染色体数目异常案例的一半以上。染色体数目异常最常发生于高龄母亲怀孕的案例。染色体数目异常的胎儿，其父母亲的染色体大都是正常的。但是染色体结构异常的胎儿，则大部分源自父母亲本身所带有的染色体结构异常。

流产原因2／母亲子宫的异常

母亲若有先天性子宫异常(子宫中隔、双角子宫、双子宫等等)或是后天性子宫异常(子宫腔内沾黏、子宫肌瘤、子宫腺肌症、子宫颈闭锁不全等等)之情形，都比较容易造成自然流产的现象。

流产原因3／母亲内分泌异常

母亲有黄体素不足、甲状腺功能过低、糖尿病等内分泌异常的情形，也是容易造成自然流产的原因。