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肺炎链球菌为细菌，所以治疗是以抗生素为主。近年主要的治疗药物为盘尼希林，但根据最近台湾的肺炎链球菌抗药性资料，第一线治疗药物盘尼希林抗药性已经高达40-50%，第二线治疗药物罗氏芬抗药性也有约30%。

其中血清型19A抗药性特别强，也容易使病人产生严重并发症，亦增加临床治疗上的困难。另外，65岁以上感染者的死亡率是儿童的5-10倍，“抗药性高、死亡率高”为目前治疗上面临的困境。

如何预防肺炎链球菌感染？

除了平时勤洗手、戴口罩，避免出入太过拥挤的公共场所等基本防御疾病的方式外，还可以接种流行性感冒疫苗减少流行性感冒的发生，进而减少继发性肺炎链球菌感染。此外，还可以接种肺炎链球菌疫苗来预防肺炎链球菌的感染。

目前市面成人可以接种的肺炎链球菌疫苗有两种：23价多醣体疫苗及13价接合性疫苗。

23价多醣体疫苗目前是由台塑企业提供给75岁以上的长者免费接种，但是23价多醣体疫苗保护效果有其限制：1.对于深层的侵袭性肺炎链球菌感染有一定的保护力，但对于肺炎的预防效果并不是太好；2.身体产生的抗体没有记忆性，保护效力约5年；3.五年后再次接种并无法有效产生的抗体。

另一种13价接合性疫苗目前仍须自费施打，但是身体产生的抗体有记忆性，且最近于荷兰的大规模研究指出13价接合性疫苗可以预防肺炎链球菌造成的肺炎以及侵袭性肺炎链球菌感染。