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男性生殖器畸型為先天性疾病，有些會影響生育力，有的可能影響到性功能。有些畸形看上去並不嚴重而且比較常見，如包莖，但同樣得小心處理。

包莖及包皮過長是臨床上最常見的男性生殖器先天性畸形，這兩種情況雖然陰莖都被包皮所覆蓋，但是有包莖狀況患者其包皮不能翻至龜頭以上。通常青少年包莖會多於成人。如果包皮與龜頭粘連、包皮有橫向走行的血管、包莖狀況嚴重而無法翻起清洗的話，都可能限制龜頭的發育，甚至導致包皮炎，產生膿性分泌物以及表皮脫落，嚴重者可能引起包皮結石，造成尿道外口狹窄，有可能束縛陰莖的發育，影響生育。

尿道下裂也是一種較為常見的男性先天性畸形，特點是尿道發育不全、尿道外口位置異常，以及陰莖向腹側彎曲，可能產生勃起以及排尿問題，嚴重者須透過手術重建尿道，已獲得正常完整的外生殖器。其他的男性生殖器畸形包括睪丸畸形，例如無睪症、單睪丸的數量異常，或者發育不全、增生變大；輸精管異常可能導致無精症；多與其他畸形同時出現的陰莖畸形；攝護腺、精囊腺先天畸形等等。

現代醫學進步，手術方法和材料都精益求精，對男性生殖器畸形通常可以有顯卓的改善，減輕患者身心上的痛苦。